1990年柏林墙倒塌，东西德统一，东西德的足球也统一了。两支东德球队－罗斯托克和德累斯顿的加入使得德甲在1991/92赛季扩大到了20支球队。但是这一赛季后德甲又恢复到18支球队的规模。

1991年德甲首次实行“黄红牌”制度－一场比赛中连续得两张黄牌的球员将被出示红牌并罚下场。斯蒂凡-埃芬贝格是第一个有幸见到这一被称 为“交通灯牌”的德甲球员。1992年，比赛规则中又引入新规定:守门员不再被允许用手接本队队员用脚传回的球。在这一赛季，德甲首次实行三支球队降级 制。1995年，德甲实行一场胜得三分制，每场比赛最多可替换三人，球员球衣背后要印有固定号码和名字。
   
九十年代也是德甲越来越“对外开放”的年代。1992/93赛季，每支球队的外国球员限量被提高到三人。1996/97赛季开始，德甲开始不再限制球队中来自欧洲足协联合会成员国的球员数量。
   
九十年代的德甲，无论是夺冠之争还是保级之战都变得更加激烈和富有戏剧性。九十年代的五个德甲冠军都是在最后一个比赛日才见分晓的，有三个球队在最后一场比赛哨声吹响时还处于降级的位置，哨音结束后却侥幸逃脱了降级的命运。
   
拜仁慕尼黑在九十年代夺冠四次，仍是德甲中的首强，但是它的地位却不如七、八十年代那样稳固。“红魔”凯泽斯劳滕在九十年代夺得两次德甲冠军，一次是在1991年，一次是在1998年。“红魔”的第二个德甲冠军同时也是“奥托皇帝”－里哈格尔在德甲历史上写就的前无古人、后无来者的奇迹－升班马夺冠。1995/96赛季，被拜仁请去的里哈格尔在赛季即将结束时被贝肯鲍尔无情逐出；而也是在此赛季，凯泽斯劳滕降级德乙。之后，里哈格尔在凯泽斯劳滕卧 薪尝胆一年，率“红魔”重返德甲，主客场两度痛斩拜仁兵团，并最终压住拜仁夺得赛季冠军，写就升班马夺冠神话。里哈格尔在淋漓痛快地雪耻之后，当面告诉贝肯鲍尔做人不要太绝。
   
斯图加特在1991/92赛季夺得了该俱乐部首次、也是迄今唯一的一次德甲冠军，它的主帅就是此后在德国足坛上大起大落的风云人物－克里斯托夫-道姆。不过，夺冠的斯图加特队并不是最好的斯图加特队。1996/97赛季，巴拉科夫、博比奇和埃尔伯组成的斯图加特“魔力三角”让人看得眼花缭乱，这样漂 亮潇洒的足球在德甲此后鲜有出现。
   
九十年代，多特蒙德在希斯菲尔德的调教下连续两次德甲夺冠，并且还获得过一次欧洲职业足球的最高荣誉－欧洲冠军杯冠军。希斯菲尔德从此成为了德国的第一大牌教练。
   
九十年代后半期，列沃库森三次追赶拜仁未果，因此有了褒奖中带有几分苦涩和嘲讽的称号－“永远的老二”。这一切归功于克里斯托夫-道姆，自从 1996年他执教列沃库森之后，德甲的冠军之争更加惊险刺激，德甲变得更富有激情，而他本人似乎注定成为剧中的悲情英雄。德甲进入21世纪后的第一年，被指定为国家队教练的道姆栽在了吸毒丑闻上。
   
九十年代的最后一个赛季，拜仁强大无比，简直是打遍德甲无敌手，最后以高出第二名15分的成绩夺得20世纪的最后一个德甲冠军。
   
八十年代中后期到九十年代，德国足球在世界足坛上依然是强中强，夺得过1990年的世界杯冠军和1996的欧洲锦标赛冠军。这两届国家队的队员，如 马特乌斯、克林斯曼、沃勒尔、科勒、布莱默、哈斯勒、萨默尔、比埃尔霍夫、埃芬贝格夫等人成了欧洲足坛的一代骁将，在德甲中也是星光闪烁。